2006年11月14日，瓜迪奧拉在墨西哥俱樂(lè)部多拉多斯正式宣布結(jié)束自己的球員生涯。2007年6月，巴塞羅那俱樂(lè)部正式宣布聘請(qǐng)瓜迪奧拉為二線隊(duì)主教練，與他一起上任的還有助手比拉諾瓦。那個(gè)賽季，瓜迪奧拉帶領(lǐng)巴薩二線隊(duì)在西班牙第4級(jí)聯(lián)賽中通過(guò)附加賽獲得了下賽季西丙聯(lián)賽參賽資格。賽季結(jié)束后，瓜迪奧拉繼任里杰卡爾德，成為巴薩一線隊(duì)主教練。
2008-2009賽季，瓜迪奧拉一上任便做出了一個(gè)驚人的決定，即將小羅與德科推上轉(zhuǎn)會(huì)市場(chǎng)，贊布羅塔、圖拉姆等名將也相繼被送走。作為巴薩主教練，瓜迪奧拉執(zhí)教的首場(chǎng)比賽是歐冠資格賽主場(chǎng)4比0擊敗華沙克拉羅夫。但隨后3場(chǎng)比賽，巴薩只取得了1平2負(fù)的戰(zhàn)績(jī)，西甲兩輪過(guò)后僅積1分，遭遇了不少質(zhì)疑。但隨后巴薩便在聯(lián)賽中打出了一波10連勝，并順利將優(yōu)勢(shì)保持到最后。5月13日，巴薩在國(guó)王杯決賽中4比1擊敗畢爾巴鄂競(jìng)技，瓜迪奧拉收獲了自己執(zhí)教生涯首個(gè)冠軍。3天后，由于皇馬2比3不敵比利亞雷爾，巴薩聯(lián)賽提前奪冠。5月27日，巴薩在歐冠決賽中2比0擊敗曼聯(lián)，成為西班牙足壇首支三冠王球隊(duì)。
2009-2010賽季，瓜迪奧拉繼續(xù)變革，他送走了“沒(méi)有感覺(jué)”的埃托奧，從國(guó)際米蘭引進(jìn)了伊布——不過(guò)這筆交易后來(lái)被證明是失敗的。在歐洲超級(jí)杯中，巴薩1比0擊敗頓涅茨克礦工，在西班牙超級(jí)杯中總比分5比1擊敗畢爾巴鄂競(jìng)技，2009年年底的世俱杯，巴薩決賽2比1戰(zhàn)勝來(lái)自阿根廷的拉普拉塔后奪冠，巴薩成為了史無(wú)前例的六冠王。但在國(guó)王杯中，巴薩八分之一決賽兩回合與塞維利亞2比2戰(zhàn)平，因客場(chǎng)進(jìn)球少被淘汰出局。而在歐冠半決賽中，由于冰島火山灰影響，首回合不得不做大巴前往米蘭，結(jié)果1比3不敵國(guó)米，次回合主場(chǎng)雖1比0取勝，卻還是被淘汰出局。在聯(lián)賽中，巴薩繼續(xù)強(qiáng)勢(shì)，以31輪6勝1平積99分的戰(zhàn)績(jī)成功衛(wèi)冕。值得一提的是，也正是在這個(gè)賽季中，瓜迪奧拉正式確定了用梅西出任假中鋒的戰(zhàn)術(shù)。
2010-2011賽季，瓜迪奧拉將伊布送走，迎來(lái)比利亞，同時(shí)也迎來(lái)了自己執(zhí)教生涯最強(qiáng)對(duì)手——穆里尼奧。在西班牙超級(jí)杯中，巴薩在客場(chǎng)1比3輸球的情況下主場(chǎng)4比0完成逆轉(zhuǎn)。在其他三條戰(zhàn)線上，巴薩的最大敵人都是皇馬。在聯(lián)賽中，巴薩38輪積96分擊敗皇馬完成3連冠。在歐冠半決賽中，巴薩兩回合總比分3比1擊敗皇馬進(jìn)入決賽，并在決賽中再一次戰(zhàn)勝曼聯(lián)。但在國(guó)王杯決賽中，巴薩加時(shí)賽0比1不敵皇馬，沒(méi)能再一次成為三冠王。
2011-2012賽季是瓜迪奧拉執(zhí)教巴薩的最后一個(gè)賽季。桑切斯與法布雷加斯先后加盟。賽季首戰(zhàn)便是與皇馬的國(guó)家德比，在西班牙超級(jí)杯中，巴薩兩回合5比4險(xiǎn)勝，隨后2比0擊敗波爾圖贏得歐洲超級(jí)杯。但在聯(lián)賽中，巴薩開(kāi)局不順，前13輪僅取得了9勝4平1負(fù)的成績(jī)，被皇馬拉開(kāi)了差距，之后盡管一路努力追趕，并在第35輪國(guó)家德比開(kāi)打前將分差縮小為4分，但在諾坎普，巴薩1比2不敵皇馬，就此喪失奪冠希望，最終僅獲亞軍。而在歐冠半決賽中，在首回合0比1客場(chǎng)輸球的情況下，次回合在諾坎普，巴薩未能把握住2比0的大好局面，被對(duì)方追成2比2平，無(wú)緣決賽。不過(guò)在國(guó)王杯中，巴薩還是走到了最后，3比0擊敗畢爾巴鄂競(jìng)技后奪冠。
執(zhí)教4個(gè)賽季，瓜迪奧拉一共帶隊(duì)參加了247場(chǎng)比賽，戰(zhàn)績(jī)是驚人的179勝47平21負(fù)，勝率達(dá)到72.47%，一共拿下了14座冠軍獎(jiǎng)杯，兩次當(dāng)選世界年度最佳教練，4次當(dāng)選西甲年度最佳教練，取得的輝煌無(wú)人能及。現(xiàn)在，瓜迪奧拉前往拜仁開(kāi)始新的征程，讓我們拭目以待。（搜狐體育 喬巴）
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